君臣两人还时常探讨军事问题，特别是如何对付秦国。吴起分析说，秦国人性格倔强，国家地势险要，易守难攻，秦政严厉，赏罚分明，士卒在战斗中有死斗之心。秦军士兵各自为战的能力很强，缺点是没有阵法，部署松散。击破秦军的方法是利以诱之，设置伏兵，在其阵势混乱后果断出击。

在吴起镇守西河的那段日子，秦惠公几度出击，都徒劳无功。

公元前393年，秦军出击洛水东岸的注城，被吴起的西河守军击败；公元前390年，秦、魏战于武城；公元前389年，秦、魏战于阴晋。由于史料残缺，这些战争的过程没被提及，武城之战与阴晋之战甚至谁胜谁负都没说。

在《吴子》一书中，保留有一个战例。

这个战例，或许便是史书中所记的阴晋之战。

据书中所载，秦国大举用兵，迫近西河。吴起请求魏武侯拨给五万名从未立过功的士兵，他说：“我率领五万名渴望立功的剽悍战士，如同五万名亡命之徒一样，敌人又岂能抵挡呢？”他以奖赏激励士兵，军队士气高涨，一举打败前来进犯的秦军。

当初魏文侯夺取河西之地后，就止步不前，这是因为魏国地处四战之地，周边都是敌人，不能集中力量消灭秦国。吴起却敏锐地发现秦国可怕的潜力，秦国非但民风强悍尚武，地理优势更是远远强过魏国。秦国在西、北、南三面都没有强敌，只要守住东线，国家即可确保无虞。魏国则不然，北有燕赵、东有齐国，南有韩楚，西有秦国，四面受敌。在吴起看来，必须灭掉秦国，否则魏国的军事优势很快就荡然无存。

吴起开始筹划一个大战略，计划以几年时间，灭掉秦国。倘若这个计划得以实施，就没有后来统一天下的大秦王朝了。俗话说“枪打出头鸟”，吴起在战场上光芒四射，所向披靡，但是政坛上却一败涂地。他终于被政敌暗算了，被迫离开魏国。当他行至西河时，心头一酸，泣下数行，叹息道：“主上倘若信任我，再给我几年时间，秦国必亡。如今主上听信谗人之言，不再信任我了，西河之地落入秦人之手的日子也不会远了，魏国大概从此就衰弱了吧。”

吴起离开魏国的时间是公元前387年。

他刚离开，秦惠公乘机出兵进犯武下。失去吴起的魏军像丢了魂的军队，被打得大败，一位大将被秦军俘虏。只是秦惠公还未能实现收复西河的使命，便于同年病逝，其子秦出公（又称出子）即位。

在秦、魏第一阶段的战事中，秦国是吃了大亏，让魏国尽占河西之地，国家安全遭到严重威胁。此中的原因，除了魏国强大之外，也有秦国自身的因素。进入战国时代后，秦国政坛动荡，爆发多起政变。公元前425年，秦怀公被大臣所逼自杀身亡；四十年后，即公元前385年，又一位秦国君主死于政变。

这位君主就是秦出公。

秦出公即位时只是个小孩子，大权落入其母（史称小主夫人）手中。小主夫人临朝，任用奸臣，于是“群贤不悦自匿，百姓郁怨非上”。秦出公的母亲，着实不得人心。当时侨居魏国的公子连（秦灵公的儿子）风闻消息后，打算乘机入秦，取代年幼的秦出公。时任庶长的菌改驻守边塞，暗地里与公子连相通，放他入塞。

小主夫人得知公子连回国，大惊失色，急急派军队前往截击。为了掩人耳目，士兵们得到的命令是：“有外敌入寇边关。”菌改暗中与军队将领联系，当这支队伍行进到一半时，公开宣布拥立公子连。

形势不可思议地发生逆转了。